NEBNext® Ultra^™ II FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶

• 更快的实验流程（< 2 小时），包含 FS“打断体系”的酶法打断

 NEBNext UltraExpressTM 超快速 FS DNA 文库制备试剂盒是最新一代的 DNA 文库制备产品，该试剂盒仅需一管酶混合物即可完成片段化、末端修复、加 dA 尾，通过使用快速、简化的实验流程，针对不同的起始量，2 小时内皆可制备出高产量、高质量文库，同时还减少了耗材消耗。此外，该试剂盒以简单高效为设计核心，对所有 DNA 起始量都使用同一个实验流程，从而让 NEBNext UltraExpressTM 超快速 FS DNA 文库制备试剂盒适合几乎所有样本。

针对不同起始量的 DNA 样本，NEBNext UltraExpressTM 超快速 FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶均能制备高产量文库。

针对不同起始量的 DNA 样本，NEBNext UltraExpress^TM 超快速 FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶均能制备 GC 覆盖度均一和插入片段大小一致的文库。

人类 NA19240 基因组 DNA（Coriell Institute for Medical Research）和大肠杆菌 gDNA（Lofstrand Labs Limited）以 9 : 1 混合，分别取 10 ng、50 ng、100 ng 和 200 ng 为起始样本制备文库，每个文库使用相同的接头数量和 6 个 PCR 循环。文库混合后使用 Illumina^® NextSeq^® 500/550 测序（2 x 75 bases）。结果表明：GC 覆盖度（A）和插入片段（B）均一致。每个文库采样（seqtk v1.3）200 万个双端 reads，去接头（seqprep v0.1）并比对（bowtie2 v2.5.0）到 GRCh38 和 E. coli MG1655 混合参考基因组，使用 Picard’s CollectGCBiasMetrics 和 Picard CollectInsertSizeMetrics（v 1.56.0）计算 GC 覆盖度和插入片段分布。Picard CollectGCBiasMetrics.（1.56）仅用于人类常染色体，基于该工具的偶数拷贝假设。图（A）中水平灰线表示 1.0 的预期均一覆盖度，绿色阴影中的点表示每个 GC% 的 reads 数。灰色区域图表示参考基因组中每 100 bp GC 含量分布的直方图。

 

针对不同 GC 组成的微生物基因组 DNA 样本，NEBNext UltraExpressTM 超快速 FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶均能制备 GC 覆盖度均一和插入片段大小一致的文库。

以流感嗜血杆菌、大肠杆菌、沼泽红假单胞菌和百日咳杆菌基因组 DNA 为起始样本，分别取 10 ng 和 100 ng 并使用 NEBNext UltraExpressTM 超快速 FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶制备文库。38% – 68% GC 含量的不同基因组样本 GC 覆盖度（A）和插入片段分布（B）结果如图所示。文库混合后使用 Illumina^® NextSeq 500/550 测序（2 x 75 bases）。每个文库采样（seqtk v1.0）2 百万个双端 reads，去接头（seqprep v0.1）并比对（bowtie2 v.2.5.0）到各自参考基因组。使用 Picard’s CollectGCBiasMetrics 和 Picard CollectInsertSizeMetrics (v1.56.0) 计算 GC 覆盖度和插入片段分布。水平灰线表示 1.0 的预期均一覆盖度，彩色点表示每个 GC% 的 reads 数。灰色区域图表示 10 ng、100 ng 起始量的参考基因组中每 100 bp GC 含量分布的直方图。

 

NEBNext UltraExpress^TM 超快速 FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶能实现文库高度复杂性。

以（A）10 ng 和 100 ng ZymoBIOMICS^® 微生物群落 DNA 标准品（Zymo Research®，#D6306）和（B）10 ng 和 100 ng ZymoBIOMICS^® 微生物群落 DNA 标准品 II（对数分布）（Zymo Research，#D4311）为起始样本，使用相同的 NEBNext UltraExpress™ 超快速 FS DNA 流程制备文库。文库混合后使用 Illumina^® MiSeq^® 测序（2 x 75 bases）。每个文库采样（seqtk v1.3）750,000 个双端 reads，去接头（seqprep v0.1）并比对（bowtie2 v2.4.5）到复合参考基因组。对每 1,000 bp 复合参考基因组进行计数（bedtools 2.30.0），并比较重复样本文库和起始水平，结果表明有高度相关性。

 

NEBNext UltraExpress^TM 超快速 FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶所制备的文库能真实反应起始样本水平。

以 10 ng 和 100 ng ZymoBIOMICS^® 微生物群落 DNA 标准品（Zymo Research^®，#D6306）为起始样本，使用相同的 NEBNext UltraExpress^™ 超快速 FS DNA 流程制备文库。文库混合后使用 Illumina^® MiSeq^® 测序（2 x 75 bases）。每个文库采样（seqtk v1.3）750,000 个双端 reads，去接头（seqprep v0.1）并比对（bowtie2 v2.4.5）到复合参考基因组。对每 1,000 bp 复合参考基因组进行计数（bedtools 2.30.0），并比较不同起始量文库预期的和检测的组成。特定微生物 gDNA 组成检测到的与预期的一致。预期组成：新型隐球菌 2%，酿酒酵母 2%，枯草芽孢杆菌 12%，大肠杆菌 12%，粪肠球菌 12%，发酵乳杆菌 12%，单核细胞增生李斯特菌 12%，铜绿假单胞菌 12%，金黄色葡萄球菌 12%，肠道沙门氏菌 12%。

 

 

即使是对数范围内的复杂混合物，NEBNext UltraExpressTM FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶所制备的文库能真实反应起始样本水平。

以 10 ng 和 100 ng ZymoBIOMICS^® 微生物群落 DNA 标准品 II（对数分布）（Zymo Research，#D6311）为起始样本，使用相同的 NEBNext UltraExpress™ 超快速 FS DNA 流程制备文库。文库混合后使用 Illumina^® MiSeq^® 测序（2 x 75 bases）。每个文库采样（seqtk v1.3）750,000 个双端 reads，去接头（seqprep v0.1）并比对（bowtie2 v2.4.5）到复合参考基因组。对每 1,000 bp 复合参考基因组进行计数（bedtools 2.30.0），并比较不同起始量文库预期的和检测的组成。结果表明：检测到的与预期的组成一致（10 ng 起始量，R2 = 0.96；100 ng 起始量，R2 = 0.97）。预期组成：单核细胞增生李斯特菌 89.1%，铜绿假单胞菌 8.9%，枯草芽孢杆菌 0.89%，酿酒酵母 0.89%，大肠杆菌 0.089%，肠道沙门氏菌 0.089%，发酵乳杆菌 0.0089%，粪肠球菌 0.00089%，新型隐球菌 0.00089%，金黄色葡萄球菌 0.000089%。