NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2(Unique 双端 Index 引物,UMI 接头,适用于 DNA) #E7874L 384 次反应-NEB酶试剂 New England Biolabs

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产品资料 – 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 – 适用于 Illumina 测序平台/接头 & 引物

NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2(Unique 双端 Index 引物,UMI 接头,适用于 DNA)                              收藏

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#E7874L
384 次反应
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#E7874S
96 次反应
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产品特点:

接头引物可用于 PCR-free 的文库扩增

提高样本识别特异性
高效稳定的连接效率
更灵敏地检测低频单核苷酸变异(SNV)
可支持更高通量

概述:

用于 Illumina® 平台的 NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2(Unique 双端 UMI 接头,适用于 DNA)为更精简、标记更多样本的 NGS 文库制备所设计,可以在单分子水平追踪测序反应,并在生物信息学水平去除错配 Reads,以获得最佳准确性。这些接头引物包含一对唯一的双端索引(i5 和 i7)和一段 UMI 序列,使制备的文库可以在有或没有 PCR 的情况下实现多重标记。该产品包含 96 个独特的、预混的含有 UMIs 的接头引物,包装在一个一次性的密封着可穿刺的铝箔封板膜 96 孔板中。通用引物在单独试管中提供。
 
NEBNext® 多样本接头引物系列产品可用于 NEBNext® 文库制备产品或其它标准的 Illumina® 平台兼容的文库制备流程。除该产品外,还有另外三款适用于 DNA 的含 Unique 双端 UMI 接头的 NEBNext® 多样本接头引物试剂盒(NEB #E7395、#E7876 和 #E7878),可用于标记 384 个样本;也可提供适用于 RNA 测序的 NEBNext® Unique 双端 UMI 接头(NEB #E7416)。对于不需要 UMI 标记的样本,NEBNext® 提供了多款产品便于灵活选择:96 种 Unique 双端 Index 引物(NEB #E6440、#E6442、#E6444、#E6446 和 #E6448)、8 x 12 种双端 Index 引物(NEB #E7600 和 #E7780)、单端 Index 引物(12 种和 96 种单端 Index 引物,NEB #E7335、#E7500、#E7710、#E7730 和 #E6609)和可适用于 EM-seq™ 和重亚硫酸盐测序的接头引物试剂盒(NEB #E7140)。
 
大宗订购,可通过我们的客户定制解决方案团队进行产品定制或批量采购。请通过 custom@neb-china.com 与我们联系。
 
用于 Illumina® 平台的 NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2(Unique 双端 UMI 接头,适用于 DNA)能够同时适用于 PCR-free 和基于扩增的 DNA 文库制备流程。请参阅下图以了解更多区别。
NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2(Unique 双端 UMI 接头,适用于 DNA)实验流程
 
NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2(Unique 双端 Index 引物,UMI 接头,适用于 DNA)                               #E7874L 384 次反应

产品描述:

NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2(Unique 双端 Index 引物,UMI 接头,适用于 DNA)                               #E7874L 384 次反应 

NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2(Unique 双端 UMI 接头,适用于 DNA)可实现更高的连接效率。

A)以 100 ng、250 ng 和 500 ng 的人 NA19240 基因组 DNA(Coriell Institute for Biomedical Research)为起始样本,使用 NEBNext® UltraII FS DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7805)和图中相应供应商提供的接头引物制备文库,不进行 PCR 扩增。所使用的接头引物分别为:NEBNext® 多样本接头引物试剂盒(Unique 双端 UMI 接头,适用于 DNA)、xGen® Dual Index UMI Adapters (IDT®) 和 Nextflex® Unique Dual index Barcodes 1-96 (Bioo Scientific®)。连接后,使用 SPRIselect 磁珠进行两轮纯化,使用 NEBNext® 文库定量试剂盒(Illumina®)(NEB #E7630)对文库进行定量。
B)以 100 ng NA19240 基因组 DNA 为起始样本,使用 Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒在 96 孔板中制备 90 个文库,不进行 PCR 扩增。所使用的 NEB、IDT 和 Bioo 的 30 个接头引物如图所示。磁珠纯化后,进行 qPCR 定量。

 NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2(Unique 双端 Index 引物,UMI 接头,适用于 DNA)                               #E7874L 384 次反应
NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2(Unique 双端 UMI 接头,适用于 DNA)可更灵敏地检测低频变异。
AcroMetrix® 肿瘤 Hotspot Control DNA(Thermo Scientific®)作为突变 DNA 源(> 500 个突变,等位基因频率为 5-35%),以不同比例与 NA19240 基因组 DNA 混合,产生一系列不同的等位基因频率(5%-35%、2.5%-17.5% 和 1%-7%)。使用 NEBNext® Ultra II DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7645)和 NEBNext® 多样本接头引物试剂盒(Unique 双端 UMI 接头,适用于 DNA)制备文库,并使用 Twist Bioscience® 的 152 个基因的定制 panel 对所有样本进行多重杂交捕获。文库使用 Illumina NovaSeq® 6000(PE140)进行测序,Reads 被降采样至 1.1 亿,并使用 BWA MEM(0.7.17)比对至 hg38。在不使用 UMI 序列或构建 UMI 共有序列(Fgbio 0.8.1)的情况下,使用 MarkDuplicates(Picard 2.20.6)分析比对上的 reads。使用 Strelka2(2.9.10)从最终的 BAM 文件中分析体细胞突变。
(A)当使用 UMIs 删除重复序列,所得的 SNV 总数和正确的数量都增加。
(B)用 UMI 进行共有序列比较,能提高检测灵敏度。等位基因频率越低,UMIs 在 SNV 检测中的优势就越大。

 NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2(Unique 双端 Index 引物,UMI 接头,适用于 DNA)                               #E7874L 384 次反应
NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2(Unique 双端 UMI 接头,适用于 DNA)可实现一致的文库产量。
以 50 ng 的人 NA19240 基因组 DNA(Coriell Institute for Biomedical Research)为起始样本,使用 NEBNext® Ultra II FS PCR-free DNA 文库制备试剂盒(NEB #E6177)和 NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2(Unique 双端 UMI 接头,适用于 DNA)在 96 孔板中制备每个文库。文库经纯化后,进行 qPCR 定量。96 个样本之间的文库浓度从 3.4 nM 到 7.3 nM,差异为 2.1 倍。

 NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2(Unique 双端 Index 引物,UMI 接头,适用于 DNA)                               #E7874L 384 次反应
NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2(Unique 双端 UMI 接头,适用于 DNA)可在 MiSeq® 和 NovaSeq 6000 上实现一致的聚类效率。
图注:使用 NEBNext® Ultra II FS PCR-free DNA 文库制备试剂盒(NEB #E6177)和 NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2(Unique 双端 UMI 接头,适用于 DNA)制备 96 个文库,以等摩尔浓度合并后在 Illumina MiSeq 和 NovaSeq 6000 上测序。对所有文库的总 Reads 数进行合计,并测定每个文库贡献的总 Reads 数的比例(每个文库的预期比例 = 1.04%)。所有 96 个文库都能实现一致的聚类效率,并在两个测序平台上实现预期频率。

NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2(Unique 双端 Index 引物,UMI 接头,适用于 DNA)                               #E7874L 384 次反应 
使用 NEBNext® 多样本接头引物试剂盒(Unique 双端 UMI 接头,适用于 DNA)制备 384 个文库,可在 Illumina NovaSeq 6000 测序平台上实现一致的聚类效率。
使用 NEBNext® Ultra II FS PCR-free DNA 文库制备试剂盒(NEB #E6177)和 NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 1-4(Unique 双端 UMI 接头,适用于 DNA)制备 384 个文库,以等摩尔浓度合并后在 Illumina NovaSeq 6000 上测序。对所有文库的总 Reads 数进行合计,并测定每个文库贡献的总 Reads 数的比例(每个文库的预期比例 = 0.26%)。所有 384 个文库都能实现一致的聚类效率,并在测序平台上实现预期频率。