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相关产品：

 NEBNext^® Ultra™ II RNA 链特异性文库制备试剂盒

#E7760L       96 次反应

#E7760S       24 次反应

 

产品特点：

• 更快的实验流程（3 小时）

• 更少的步骤和耗材消耗

• 更少的纯化步骤

• 一个实验流程，可适用于不同起始量

• 起始量范围广，25 – 250 ng 起始总 RNA 均可制备高质量文库

• 兼容自动化工作流程

 

概述

 概述：

NEBNext UltraExpress^TM 超快速 RNA 文库制备试剂盒是最新一代的 NEBNext RNA 文库制备产品，具有快速、简化的实验流程。该试剂盒文库制备流程仅需 3 小时。即使与 mRNA 富集或 rRNA 去除试剂盒结合使用，仍可以在一天内制备出高质量的 RNA 文库。

 

NEBNext UltraExpress^TM 超快速 RNA 文库制备实验流程

 

 

产品描述：

 

针对不同起始量的 RNA 样本，NEBNext UltraExpress^TM 超快速 RNA 文库制备试剂盒均能制备高产量文库。

A.使用 NEBNext^® Poly(A) mRNA 磁性分离模块（NEB #E7490）从通用人类参考 RNA（UHRR）（Agilent^®）中分离出含有 Poly(A) 的mRNA。随后分别使用 NEBNext UltraExpressTM 超快速 RNA 文库制备试剂盒、Kapa mRNA HyperPrep^® 试剂盒和 Illumina^® Stranded mRNA 试剂盒制备文库。使用 NEBNext UltraExpress^TM 超快速 RNA 文库制备试剂盒制备文库时，针对不同起始量样本均使用同样的接头稀释浓度（50X）和 12 个 PCR 循环，或使用定制的接头稀释浓度（76 – 250 ng 使用 20X 稀释浓度，25 – 75 ng 使用 100X 稀释浓度）和PCR循环数（如图所示）。

B.从 UHRR 中去除核糖体 RNA（rRNA），随后分别使用 NEBNext UltraExpress^TM 超快速 RNA 文库制备试剂盒（之前使用 NEBNext rRNA 去除试剂盒 v2 – 人/小鼠/大鼠，NEB #E7400）、包含 RiboErase 的 Kapa HyperPrep 试剂盒和包含 Ribo-Zero^® Plus 的 Illumina Stranded Total RNA 文库制备试剂盒制备文库。使用 NEBNext UltraExpress^TM 超快速 RNA 文库制备试剂盒制备文库时，针对不同起始量样本均使用同样的接头稀释浓度（50X）和 11 个 PCR 循环，或使用定制的接头稀释浓度（76 – 250 ng 使用 20X 稀释浓度，25 – 75 ng 使用 100X 稀释浓度）和PCR循环数（如图所示）。

RNA 起始量和 PCR 循环数如图所示。图中显示了三次重复建库的平均产量，误差条表示标准差。

 

使用 NEBNext UltraExpressTM 超快速 RNA 文库制备试剂盒可实现均一的转录本覆盖度。

A. 使用 NEBNext^® Poly(A) mRNA 磁性分离模块（NEB #E7490）从通用人类参考 RNA（UHRR）（Agilent^®）中分离出含有 Poly(A) 的mRNA。随后分别使用 NEBNext UltraExpressTM 超快速 RNA 文库制备试剂盒、Kapa mRNA HyperPrep® 试剂盒和 Illumina^® Stranded mRNA 试剂盒制备文库。使用 NEBNext UltraExpressTM 超快速 RNA 文库制备试剂盒制备文库时，针对不同起始量样本均使用同样的接头稀释浓度（50X）和 12 个 PCR 循环，或使用定制的接头稀释浓度和 PCR 循环（250 ng 使用 20X 稀释浓度和 10 个 PCR 循环，75 ng 使用 100X 稀释浓度和 12 个 PCR 循环，25 ng 使用 14 个 PCR 循环）。

B. 从 UHRR 中去除核糖体 RNA（rRNA），随后分别使用 NEBNext UltraExpressTM 超快速 RNA 文库制备试剂盒（之前使用 NEBNext rRNA 去除试剂盒 v2 – 人/小鼠/大鼠，NEB #E7400）、包含 RiboErase 的 Kapa HyperPrep 试剂盒和包含 Ribo-Zero^® Plus 的 Illumina Stranded Total RNA 文库制备试剂盒制备文库。使用 NEBNext UltraExpress^TM 超快速 RNA 文库制备试剂盒制备文库时，针对不同起始量样本均使用同样的接头稀释浓度（50X）和 12 个 PCR 循环，或使用定制的接头稀释浓度和 PCR 循环（250 ng 使用 20X 稀释浓度和 9 个 PCR 循环，75 ng 使用 100X 稀释浓度和 11 个 PCR 循环，25 ng 使用 13 个 PCR 循环）。

文库使用 Illumina^® NextSeq® 500 测序（2 x 75 bases）。每个文库采样 1,000 万个双端 reads，比对（RNA STAR v2.7.8a）到 hg38 参考基因组，使用 CollectRnaSeqMetrics (Picard) tool v2.18.2.2 计算 1,000 个高丰度转录本的 5’ 至 3’ 的转录本覆盖度。

 

 

 

 使用 NEBNext UltraExpressTM 超快速 RNA 文库制备试剂盒可实现更高的转录本检测灵敏度。

A. 使用 NEBNext^® Poly(A) mRNA 磁性分离模块（NEB #E7490）从通用人类参考 RNA（UHRR）（Agilent^®）中分离出含有 Poly(A) 的mRNA。随后分别使用 NEBNext UltraExpressTM 超快速 RNA 文库制备试剂盒、Kapa mRNA HyperPrep® 试剂盒和 Illumina^® Stranded mRNA 试剂盒制备文库。使用 NEBNext UltraExpress^TM 超快速 RNA 文库制备试剂盒制备文库时，针对不同起始量样本均使用同样的接头稀释浓度（50X）和 12 个 PCR 循环，或使用定制的接头稀释浓度和 PCR 循环（250 ng 使用 20X 稀释浓度和 10 个 PCR 循环，75 ng 使用 100X 稀释浓度和 12 个 PCR 循环，25 ng 使用 14 个 PCR 循环）。

B. 从 UHRR 中去除核糖体 RNA（rRNA），随后分别使用 NEBNext UltraExpress^TM 超快速 RNA 文库制备试剂盒（之前使用 NEBNext rRNA 去除试剂盒 v2 – 人/小鼠/大鼠，NEB #E7400）、包含 RiboErase 的 Kapa HyperPrep 试剂盒和包含 Ribo-Zero^® Plus 的 Illumina Stranded Total RNA 文库制备试剂盒制备文库。使用 NEBNext UltraExpress^TM 超快速 RNA 文库制备试剂盒制备文库时，针对不同起始量样本均使用同样的接头稀释浓度（50X）和 11 个 PCR 循环，或使用定制的接头稀释浓度和 PCR 循环（250 ng 使用 20X 稀释浓度和 9 个 PCR 循环，75 ng 使用 100X 稀释浓度和 11 个 PCR 循环，25 ng 使用 13 个 PCR 循环）。

文库使用 Illumina^® NextSeq^® 500测序（2 x 75 bases）。每个文库采样 1,000 万个双端 reads，分别对检测到的 ≤ 10 个 reads 和 ≤ 500 个 reads 的转录本的平均转录本丰度进行评估。误差条表示三次重复的标准差。使用 Salmon v1.5.1 完成所有 gencode v38 转录本和 ERCCs 的比对和量化。

 

使用 NEBNext UltraExpress^TM 超快速 RNA 文库制备试剂盒可实现文库与起始样本之间的高度转录本表达相关性。
A. 使用 NEBNext® Poly(A) mRNA 磁性分离模块（NEB #E7490）从通用人类参考 RNA（UHRR）（Agilent^®）中分离出含有 Poly(A) 的mRNA。随后使用 NEBNext UltraExpress^TM 超快速 RNA 文库制备试剂盒制备文库，针对不同起始量样本均使用同样的接头稀释浓度（50X）和 12 个 PCR 循环，或使用定制的接头稀释浓度和 PCR 循环（250 ng 使用 20X 稀释浓度和 10 个 PCR 循环，75 ng 使用 100X 稀释浓度和 12 个 PCR 循环，25 ng 使用 14 个 PCR 循环）。
B. 使用 NEBNext rRNA 去除试剂盒 v2 – 人/小鼠/大鼠（NEB #E7400）从 UHRR 中去除核糖体 RNA（rRNA）。使用 NEBNext UltraExpressTM 超快速 RNA 文库制备试剂盒制备文库时，针对不同起始量样本均使用同样的接头稀释浓度（50X）和 11 个 PCR 循环，或使用定制的接头稀释浓度和 PCR 循环（250 ng 使用 20X 稀释浓度和 9 个 PCR 循环，75 ng 使用 100X 稀释浓度和 11 个 PCR 循环，25 ng 使用 13 个 PCR 循环）。
文库使用 Illumina^® NextSeq^® 500 测序（2 x 75 bases）。每个文库采样 1,000 万 reads，使用 Salmon v1.5.1 量化所有 gencode v38 转录本和 ERCCs，并比较文库与起始样本之间的转录本表达相关性。每个点代表一个转录本，y 轴代表起始量 250 ng 总 RNA 的 Reads 数（log10），x 轴代表起始量 250 ng、75 ng 和 25 ng 的重复样本。

 

针对不同类型的起始样本，使用 NEBNext UltraExpress^TM 超快速 RNA 文库制备试剂盒可实现高度转录本表达相关性。
A：使用 NEBNext Globin mRNA & rRNA 去除试剂盒 – 人/小鼠/大鼠（NEB #E7750）从人类全血样本（HWB）中去除珠蛋白 mRNA 和 rRNA。B：使用 NEBNext rRNA 去除试剂盒 – 细菌（NEB #E7850）从 20 种不同细菌混合样本（ATCC^® #MSA-2002）中去除 rRNA。使用 NEBNext UltraExpress^TM 超快速 RNA 文库制备试剂盒制备文库时，针对每个起始量样本使用定制的接头稀释浓度和 PCR 循环（250 ng 使用 20X 稀释浓度和 9 个 PCR 循环，75 ng 使用 100X 稀释浓度和 11 个 PCR 循环，25 ng 使用 13 个 PCR 循环）。文库使用 Illumina^® NextSeq^® 500 测序（2 x 75 bases）。每个文库采样 1,000 万 reads，使用 Salmon v1.5.1 量化所有 gencode v38 转录本（HWB）和复合基因组（细菌）。每个点代表一个转录本，y 轴代表起始量 250 ng 总 RNA 的 Reads 数（log10），x 轴代表起始量 250 ng、75 ng 和 25 ng 的重复样本。