Nilotinib;尼洛替尼

Nilotinib;尼洛替尼

货号:
IN0560

品牌:
Jinpan

Nilotinib;尼洛替尼

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产品简介
MDL MFCD09833716
EC EINECS 700-544-5
别名 AMN-107;tasigna
英文名称 Nilotinib
CAS 641571-10-0
分子式 C28H22F3N7O
分子量 529.52
纯度 HPLC≥98%
单位
生物活性 Nilotinib是一种口服可用的具有抗肿瘤活性的 Bcr-Abl 酪氨酸激酶抑制剂。[1-5]
In Vitro 新型选择性Abl抑制剂Nilotinib(AMN107)设计用于与BCR-ABL的ATP结合位点相互作用,其亲和力高于伊马替尼。除了与伊马替尼相比显着更有效(IC50 <30 nM)外,尼罗替尼还能维持对大多数赋予伊马替尼耐药性的BCR-ABL点突变体的活性[1]。尼罗替尼显示出对抗GIST异种移植物系和伊马替尼抗性GIST细胞系的显着抗肿瘤效力。亲本细胞系GK1C和GK3C显示伊马替尼敏感性,IC50分别为4.59±0.97μM和11.15±1.48μM。伊马替尼耐药细胞系GK1C-IR和GK3C-IR显示伊马替尼耐药,IC50值分别为11.74±0.17μM(P <0.001)和41.37±1.07μM(P <0.001)[2]。
In Vivo 在GK1X异种移植物系(ns)中,伊马替尼的肿瘤生长抑制百分比(TGI)为83.8%,尼罗替尼为69.6%。在GK2X异种移植物系中,伊马替尼的TGI为83.0%,尼罗替尼(ns)为85.3%。此外,伊马替尼的GK3X异种移植物线TGI为31.1%,尼罗替尼(ns)为47.5%。这些结果表明,除了GK1X异种移植物系外,尼罗替尼显示出与伊马替尼相当或更高的抗肿瘤作用[2]。尼罗替尼对宏观和微观病理评分具有显著的治愈作用,并确保吲哚美辛诱导的小肠结肠炎大鼠模型中相当大的粘膜愈合。虽然尼罗替尼降低了结肠中PDGFRα和β水平以及凋亡评分,但它对体重和TNF-α水平没有显著影响。进一步的实验研究可以为人类提供更明确的证据[3]。
SMILES O=C(NC1=CC(C(F)(F)F)=CC(N2C=NC(C)=C2)=C1)C3=CC=C(C)C(NC4=NC=CC(C5=CC=CN=C5)=N4)=C3
靶点 Bcr-Abl
动物实验 小鼠[2]使用裸鼠中的GIST异种移植物系GK1X,GK2X和GK3X。通过在BALB/cSLc-nu/nu小鼠中连续传代来维持这些异种移植物系。每天用载体或40mg/kg伊马替尼或尼罗替尼治疗携带GK1X,GK2X和GK3X肿瘤(每组6-8只小鼠)的小鼠,持续4周。根据公式LW2/2,根据肿瘤长度(L)和宽度(w)的厚度测量值确定肿瘤体积(TV)。电视每两到三天以及评估当天确定。处死小鼠并且如下计算肿瘤生长抑制(TGI)的百分比:TGI(%)= [1-(评估日的治疗组肿瘤体积 – 治疗组肿瘤体积在第1天的平均值)/(平均值)对照组肿瘤体积对第1天对照组肿瘤体积的评价日均值]]×100。大鼠[3]雌性Wistar白化大鼠,体重226-243g(平均体重,241.09g),用于本研究。以吲哚美辛给药的同一天开始,通过口胃管向Nilotinib组大鼠(n = 7)施用尼罗替尼,以两个分剂量施用20mg/kg/d,持续13天。在13-d期结束时,在乙醚麻醉下从所有大鼠获得用于病理学检查的血液和组织样品。然后通过断头处死所有动物。
细胞实验 将人GIST细胞系GK1C和GK3C以及伊马替尼抗性细胞系GK1C-IR和GK3C-IR接种于96孔微量培养板中并培养12小时,然后暴露于伊马替尼(1-100μM)或尼罗替尼(1- 100μM)72小时。通过WST-8测定法定量细胞。光密度(OD)由Sunrise rainbow确定。抑制率计算如下:抑制%=(处理组 – 空白的OD)/(对照组 – 空白的OD)×100%。计算导致50%生长抑制的测试药物浓度(IC50)[2]。
数据来源文献 [1]. Weisberg E, et al. Beneficial effects of combining nilotinib and imatinib in preclinical models of BCR-ABL+ leukemias. Blood. 2007 Mar 1;109(5):2112-20.

[2]. Sako H, et al. Antitumor effect of the tyrosine kinase inhibitor Nilotinib on gastrointestinal stromal tumor (GIST) and Imatinib-resistant GIST cells. PLoS One. 2014 Sep 15;9(9):e107613.

[3]. Dervis Hakim G, et al. Mucosal healing effect of nilotinib in indomethacin-induced enterocolitis: A rat model. World J Gastroenterol. 2015 Nov 28;21(44):12576-85.

[4]. Fujita KI, et al. Involvement of the Transporters P-Glycoprotein and Breast Cancer Resistance Protein in Dermal Distribution of the Multikinase Inhibitor Regorafenib and Its Active Metabolites. J Pharm Sci. 2017 Sep;106(9):2632-2641.

[5]. Meirson T, et al. Targeting invadopodia-mediated breast cancer metastasis by using ABL kinase inhibitors. Oncotarget. 2018 Apr 24;9(31):22158-22183.

规格 50mg 10mM*1mL in DMSO 100mg

Nilotinib是一种具有抗肿瘤活性的 Bcr-Abl 酪氨酸激酶抑制剂,可用于产生耐药的或不耐受的慢性髓性白血病的相关研究。

人BCR分析SMART-Seq Human BCR (with UMIs)酶试剂盒Takara Clontech

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人BCR分析SMART-Seq Human BCR (with UMIs)
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 634777 SMART-Seq® Human BCR (with UMIs) 24 Rxns ¥19,351 人BCR分析SMART-Seq Human BCR (with UMIs) 人BCR分析SMART-Seq Human BCR (with UMIs) 人BCR分析SMART-Seq Human BCR (with UMIs)
Clontech 634778 SMART-Seq® Human BCR (with UMIs) 96 Rxns ¥63,718 人BCR分析SMART-Seq Human BCR (with UMIs) 人BCR分析SMART-Seq Human BCR (with UMIs) 人BCR分析SMART-Seq Human BCR (with UMIs)
Clontech 634776 SMART-Seq® Human BCR (with UMIs) 4 x 96 Rxns ¥239,105 人BCR分析SMART-Seq Human BCR (with UMIs) 人BCR分析SMART-Seq Human BCR (with UMIs) 人BCR分析SMART-Seq Human BCR (with UMIs)
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捕获人的BCR转录本完整V(D)J 可变区
SMART-Seq Human BCR (with UMIs)
· 完整的BCR分析—支持分析重链(IgG, IgM, IgA, IgD, IgE) 和轻链 (IgK, IgL)
· 灵活的样本起始条件—支持PBMCs (10 ng – 1 μg)、B细胞(1-100 ng)、脾脏或骨髓(10 ng),全血(100 ng)来源的RNA起始
· 添加UMI建库,获得更可靠测序数据—SMARTer Oligo上引入UMI,用于校正测序错误和PCR偏差
· 灵活的测序平台选择—可自由选择V(D)J全长分析,或只分析CDR3
 
■ 产品说明
SMART-Seq Human BCR (with UMIs) 提供了一种灵敏、准确、优化的BCR NGS库分析方法。该试剂盒整合SMART(Switching Mechanism at 5′ end of RNA Template)全长cDNA合成技术与5’RACE技术,可捕获重链(IgG/M/D/A/E) 和轻链 (IgK/L)基因完整的V(D)J可变区,用于后续NGS分析。
该试剂盒支持不同起始量的RNA(RIN≥8,取决于样本类型)起始,均可获得高品质的测序文库。比如外周血单核细胞(PBMC)纯化的10 ng-1 μg的总RNA, B细胞纯化的1-100 ng的总RNA,脾脏或骨髓10 ng的总RNA,或者全血来源的100 ng的总RNA。
该试剂盒还包括特别的分子条形码(UMI),可以消除PCR错误或duplication以及测序偏向,从而确保获得更准确和可靠的结果。此外,搭配使用的双端特殊index(UDI,Unique Dual Index),可以提供完整的从样品到文库构建的实验体验。
 
■ 流程概要
人BCR分析SMART-Seq Human BCR (with UMIs)
 
■ 不同起始量克隆型检测数据
人BCR分析SMART-Seq Human BCR (with UMIs)
图1 不同的RNA起始量,均能获得高灵敏度和重复性的克隆型检测数据
 
从10 ng、100 ng和1,000 ng人PBMC细胞总RNA中,利用本试剂盒制备BCR分析IgA、IgD、IgG、IgM、IgK和IgL文库。使用Cogent NGS Immune Profiler Software分析测序数据。
 
关联产品:Unique Dual Index Kit
 
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小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs)酶试剂盒Takara Clontech

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小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs)
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 634352 SMART-Seq® Mouse BCR (with UMIs) 24 Rxns ¥19,351 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs) 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs) 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs)
Clontech 634353 SMART-Seq® Mouse BCR (with UMIs) 96 Rxns ¥63,718 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs) 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs) 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs)
Clontech 634351 SMART-Seq® Mouse BCR (with UMIs) 4 x 96 Rxns ¥239,105 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs) 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs) 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs)
Clontech 634756 Unique Dual Index Kit (1–24) 24 Rxns ¥2,737 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs) 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs) 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs)
Clontech 634752 Unique Dual Index Kit (1–96) 96 Rxns ¥7,370 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs) 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs) 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs)
Clontech 634753 Unique Dual Index Kit (97–192) 96 Rxns ¥7,370 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs) 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs) 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs)
Clontech 634754 Unique Dual Index Kit (193–288) 96 Rxns ¥7,370 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs) 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs) 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs)
Clontech 634755 Unique Dual Index Kit (289–384) 96 Rxns ¥7,370 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs) 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs) 小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs)
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SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs)
· 完整的BCR分析:支持分析重链(IgG, IgM, IgA, IgD, IgE) 和轻链 (IgK, IgL)
· 灵活的样本起始条件:支持10 ng – 1 μg 小鼠脾脏、骨髓、淋巴结、全血以及PBMC来源的高质量RNA起始(RIN>7)
· 简化的操作流程:组分中的重、轻免疫球蛋白链引物以及酶均是预混形式
· 更可靠测序数据:SMARTer Oligo上引入UMI,用于校正测序错误和PCR偏差
· 灵活的测序平台选择:可自由选择V(D)J全长分析,或只分析CDR3
 
■ 产品说明
SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs)是一款小鼠BCR NGS文库构建试剂盒。该试剂盒整合SMART(Switching Mechanism at 5′ end of RNA Template)全长cDNA合成技术与5’RACE技术,可捕获重链(IgA/D/E/G/M) 和轻链 (IgK/L)基因完整的V(D)J可变区,用于后续NGS分析。
该试剂盒支持不同起始量的RNA(RIN>7)起始,均可获得高品质的测序文库。比如小鼠脾脏、骨髓或者外周血单核细胞(PBMC)纯化的10 ng-1 μg的总RNA,也支持从小鼠血液或者淋巴结中提取的RNA样本。
该试剂盒中的重、轻免疫球蛋白链引物以及酶均是预混形式,减少了试剂组分数量和操作步骤。另外该试剂盒还包括特别的分子条形码(UMI),可以消除PCR错误或duplication以及测序偏向,从而确保获得更准确和可靠的结果。此外,搭配使用的双端特殊index(UDI,Unique Dual Index),可以提供完整的从样品到文库构建的实验体验。
该试剂盒所建文库支持更多样的测序平台。既支持Miseq平台(分析V(D)J全长信息),也支持其它Illumina平台(分析CDR3区),节约成本。
 
■ 应用
· 用于分析组织和循环系统中的B细胞的克隆组织和多样性,了解它们如何影响B细胞的分化途径和功能。
· 发现具有高亲和力的BCR,以便更好地为疫苗接种或传染病治疗提供指导。
· 追踪抗原特异性B细胞在HIV以及其他疾病的小鼠模型中过继转移后的变化和迁移。
· 检查BCR序列,以研究针对新表位的自体抗体随时间的变化,以及这些变化如何与严重的自身免疫疾病相关联,如狼疮。
 
■ 建库原理
小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs)
 
■ 不同起始量的克隆型检测数据
小鼠BCR分析SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs)
为了评价SMART-Seq Mouse BCR (with UMIs)的性能,以10 ng,100 ng和1,000 ng小鼠脾脏来源RNA起始制备文库,生成150万个测序reads。
Panel A. 检测所有重链(IgA/D/G/M,除了IgE,因为它在正常小鼠样本中的表达量非常低)和轻链 (IgK/L)。结果显示,随着起始量的增加,检测到的克隆型数量也随之增加。
Panel B. 结果显示,重链和轻链的克隆型数量随着起始量的增加也随之增加。
 
 
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B细胞受体分析SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit酶试剂盒Takara Clontech

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B细胞受体分析SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 634466 SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit 12 Rxns ¥15,150 B细胞受体分析SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit B细胞受体分析SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit B细胞受体分析SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit
Clontech 634467 SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit 48 Rxns ¥43,997 B细胞受体分析SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit B细胞受体分析SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit B细胞受体分析SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit
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SMARTer® Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit
捕获人的BCR转录本完整V(D)J 可变区
· 起始样品量: 从外周血单核细胞(PBMC)纯化的10 ng-1μg的总RNA或从B细胞纯化的1-100 ng的总RNA
· 通过添加UMI,校正来自PCR错误、重复序列以及序列错误的读取
· cDNA文库构建经过优化,可以灵敏、特异地检测克隆型
· 可准确扩增并通过测序鉴别人IgG亚类
· 经过优化的PCR pooling策略,可以高灵敏度地从同一样品中检测不同链
· 灵活的pooling策略适用于不同的实验需求,以比对、识别原始链序列
· 可以使用Cogent NGS Immune Profiler Software进行序列数据分析的完整工作流程
 
新推出的SMARTer Human BCR IgG H/K/L Profiling Kit基于5’RACE和NGS技术,提供了一种灵敏,准确,优化的BCR库分析方法。通过5’RACE方法减少了变异性并且可以从BCR重链或轻链的恒定区引发扩增。该试剂盒将这些优点与基因特异性扩增相结合可以捕获BCR完整V(D)J可变区,提供了一种高灵敏度、可重复的B细胞库分析方法。
该试剂盒设计的可以从外周血单核细胞(PBMC)纯化的10 ng-1μg的总RNA或从B细胞纯化的1-100 ng的总RNA,生成Illumina文库。可以为人免疫球蛋白IgG和IgM的重链和轻链(κ和λ)生成数据。该试剂盒还包括特别的分子条形码(UMI),从而可以消除PCR错误或duplication以及测序偏向,从而确保获得更准确和可靠的结果。
测序结束后,可以使用Takara Bio Immune Profiler Software分析数据,该软件使用基于UMI的纠错功能,并可以使用MIGEC(Shugay,2014年)和MiXCR软件(Bolotin,2015年)。该软件支持高质量的BCR分析,包括克隆型计数和鉴别以及V(D)J区域的序列信息。
 
B细胞受体分析SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit
图1. SMARTer Human BCR IgG H/K/L Profiling Kit技术流程
 
Panel A 第一链cDNA合成由dT引物(RT引物)起始,MMLV衍生的SMARTScribe反转录酶会在mRNA模板5’末端添加几个非模板核苷酸。SMART UMI Oligos与这几个非模板核苷酸互补结合作为模板,通过RT在第一链cDNA末端添加额外核苷酸序列(也就是模板转换步骤)。然后第一链cDNA经过两轮基因特异性的PCR扩增(详见Panel B)。第二轮的巢式PCR扩增可以确保绝大多数的reads比对到B细胞受体的转录本上。
 
Panel B 第一轮PCR以第一链cDNA为模板,引物包括与Illumina Read Primer 2序列互补的正向引物(PCR1 Universal Forward primer),以及与BCR重链或轻链恒定区互补的反向引物(PCR1 IgG/IgM/IgK/IgL Reverse primers)。以Read Primer 2序列和恒定区起始,第一轮PCR特异性扩增了BCR重链或轻链cDNA的完整可变区及部分恒定区。第二轮PCR以第一轮PCR的产物为模板,采用半巢式引物(PCR2 IgG/IgM/IgK/IgL Reverse primers)扩增BCR重链或轻链的cDNA的完整可变区及部分恒定区。
 
B细胞受体分析SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit
图2. 从1-100 ng B细胞RNA中鉴定出的克隆型信号
 
从1 ng,10 ng和100 ng人CD19 + B细胞总RNA中,利用本试剂盒制备BCR分析IgG,IgM,IgK和IgL文库。为了进行分析,对于1 ng,10 ng和100 ng的RNA起始,分别将文库down-sampling至100,000个,400,000个和5,000,000个reads,然后利用Takara Bio Immune Profiler Software处理。
 
B细胞受体分析SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit
图3. 散点图展示了用1μg PBMC RNA生成的文库之间的一致性
 
以来自健康供体的1μg PBMC RNA起始,一式两份制备IgG,IgM,IgK和IgL文库。通过down-sampling至1300万次读取来分析该文库。该图包括来自技术重复的所有四个文库(IgG,IgM,IgK和IgL)。
 
B细胞受体分析SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit
图4. 来自不同供体的PBMC RNA的克隆型计数
 
对来自8个供体的10 ng PBMC RNA(不同颜色代表不同供体),分别使用SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit来鉴别IgG,IgM,IgK和IgL的克隆型。文库归一化为100,000 reads以进行分析。
 
B细胞受体分析SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit
图5. 10 ng PBMC RNA文库的测序饱和度评估
 
以来自单个供体的10 ng PBMC RNA起始,使用SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Kit制备BCR分析文库。
 
Panel A 显示了不同测序深度的IgG克隆型计数,其中蓝线和紫线分别是指经过UMI修正误差和没有经过UMI修正误差的数据。IgG和其他链(IgM,IgK和IgL未在图中展示)按每个文库150万个读数进行测序,然后通过down-sampling至1,000K,500K,200K,100K,50K,10K和5K reads。使用Takara Bio Immune Profiler Software分析不同测序深度的结果。
 
Panel B 维恩图显示了低测序深度(100K)和高测序深度(1,500K)的文库之间重叠的克隆型。
 
 
 
 
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B细胞受体分析SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit
SMARTer Human BCR:
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小鼠B细胞受体分析SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit酶试剂盒Takara Clontech

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小鼠B细胞受体分析SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 634422 SMARTer® Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit 12 Rxns ¥12,021 小鼠B细胞受体分析SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit 小鼠B细胞受体分析SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit 小鼠B细胞受体分析SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit
Clontech 634423 SMARTer® Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit 48 Rxns ¥41,068 小鼠B细胞受体分析SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit 小鼠B细胞受体分析SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit 小鼠B细胞受体分析SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit
Clontech 634424 SMARTer® Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit 96 Rxns ¥65,669 小鼠B细胞受体分析SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit 小鼠B细胞受体分析SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit 小鼠B细胞受体分析SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit
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SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit—捕获BCR转录本完整V(D)J 可变区
· 起始样品量:10 ng-3 μg来自于脾脏、淋巴结、PBMCs 及杂交瘤的总RNA
· cDNA文库构建经过优化可以灵敏、特异地检测克隆型
· 在大多数情况下,可以准确扩增并通过测序鉴别小鼠IgG亚类
· 经过优化的PCR pooling策略,可以高灵敏度地从同一样品中检测不同链
· 灵活的pooling策略适用于不同的实验需求,以比对、识别原始链序列
 
 
B 细胞是适应性免疫应答的重要组成部分,其表面表达B细胞受体(BCR),可以识别病原体中的特定分子模式。了解BCRs图谱(也就是由特定H,K,L基因片段构成的受体和克隆型多样性)不仅有助于深入了解健康个体中的适应性免疫应答,也有助于了解多种疾病的适应性免疫应答。准确确定免疫系统表达的克隆型和同种型有助于全面了解B细胞群体。
 
新推出的SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit基于5’RACE和NGS技术,提供了一种灵敏,准确,优化的BCR库分析方法。虽然采用多重PCR可以在一个反应中对多个BCR基因进行扩增,但也被证明在对特定序列进行扩增时存在灵敏度,特异性和偏差的问题,这些都可能带来同种型的鉴别困难。而5’RACE方法减少了变异性并且可以从BCR重链或轻链的恒定区引发扩增。试剂盒将这些优点与基因特异性扩增相结合可以捕获BCR完整V(D)J可变区,提供了一种高灵敏度、可重复的B细胞库分析方法。在大部分情况下,通过H/K/L链的下游测序分析可以准确鉴别克隆型,可靠确定同种型。
 
小鼠B细胞受体分析SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit
图1. BCR重排过程。
祖细胞发育过程中胚系基因片段经过V,D,J重排形成两条相同的重链。V,J片段重排形成两条相同的轻链。V,D,J片段连接处的核苷酸随机插入或缺失增加了额外的多样性。B细胞经过免疫应答刺激后通过体细胞高频突变(SHM)进一步引入更多的点突变。
 
小鼠B细胞受体分析SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit
图2. SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit技术流程。
PanelA dT-引物起始合成一链cDNA,经过两轮PCR扩增合成cDNA文库。PCR产物经纯化,片段筛选和质量检测后用于测序分析。
PanelB对于每个样品,在样品中所有mRNA 进行RT反应后,使用者可以通过两轮基因特异性巢式PCR特定扩增IgG 的1-3条链。
 
小鼠B细胞受体分析SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit
图3. PCR扩增及pooling流程。
对于每一个样品,在所有mRNA进行RT后,使用者可以特定扩增IgG的1-3条链。每个扩增反应需要5μl RT产物。第一轮PCR后,各取1μl PCR反应产物用于独立PCR反应,分别扩增每条链,同一样品添加相同的indexes,不同的样品添加不同的indexes。经过PCR 2最终扩增后,使用者可以通过Bioanalyzer 或Fragment Analyzer分析每个反应产物,可以以此选择哪条扩增链进行混合测序。
 
小鼠B细胞受体分析SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit
图4. 准确扩增所有5种IgG亚类。
以来自于不同IgG亚型的自有杂交瘤(10E8)和两个ATCC杂交瘤样品(HB-8117和TIB-127)的10 ng RNA起始,采用SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit构建包含BCR重链和轻链(kappa)的文库。Panel A Bioanalyzer结果显示了每个杂交瘤重链和轻链的基因特异性扩增结果。在每个样品中都观察到了700-900 bp的预期峰值。电泳图中明显的峰表明在这些杂交瘤中表达kappa链。相反,lambda链测序库相对较宽并且大小低于预期。每个样品中标注为“LM”和“UM”的峰为DNA reference marker。Panel B 采用MiXCR软件(version 1.8)确定比对指标,与所有IG序列进行了比对分析。MiXCR软件对前2个克隆的分析结果显示了V,D,J等位基因及通过软件分析确定的同种型和亚类。
 
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小鼠B细胞受体分析SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit
 
 
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