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产品资料 – 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 – 适用于 Illumina 测序平台/Ultra II DNA & RNA
NEBNext® FFPE DNA 文库制备试剂盒 收藏
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#E6650L
96 次反应
37,259.00
有
无
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无
无
无
#E6650S
24 次反应
9,779.00
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相关产品：
NEBNext® Ultrashear™ FFPE DNA 文库制备试剂盒
#E6655L 96 次反应
#E6655S 24 次反应
产品特点：
• 包含 FFPE DNA 修复液和专为 FFPR DNA 文库制备所优化的试剂和流程
• 提高文库产量
• 提高测序质量
• 提高体细胞突变的检测灵敏度
• 起始量范围广：5 – 250 ng
• 自动化适配的实验流程
概述：
FFPE DNA 起始量较低，且固定、储存和提取方法都对 DNA 造成了高度可变的损伤，因此 FFPE DNA 的文库制备面临了许多挑战。通常使用基于杂交捕获的方法来富集 FFPE DNA 的目的区域，而该流程需要高产量、多样化且均一的 DNA 文库。
NEBNext® FFPE DNA 文库制备试剂盒专为已片段化后的 FFPE DNA 设计，针对不同起始量（5 – 250 ng）和不同质量 FFPE DNA 样本制备的文库，均可提高文库产量和质量。该试剂盒可修复由 FFPE 过程造成的 DNA 损伤，同时包含了专为 FFPR DNA 文库制备所优化的试剂和流程。该实验流程简化且使用方便，减少了手动操作时间。
通常 FFPE DNA 在质量和起始量上都会存在问题，这样的样本对于文库制备和测序都具有很大的挑战性，而 NEBNext® FFPE DNA 文库制备试剂盒则通过以下多种方式来应对这些挑战：
• 使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 来修复 FFPE DNA 损伤
• 使用专为 FFPE DNA 优化的 NEBNext® Ultra II 文库制备试剂和流程
• 使用 NEBNext® MSTC™ FFPE 预混液进行高效的文库扩增
• 提高文库产量，满足杂交捕获流程的需求
• 实验流程简化且用户友好，减少了手动操作时间并设有多个可暂停节点
NEBNext® FFPE DNA 文库制备试剂盒减少了由于样本固定、储存和提取过程导致的 FFPE DNA 样本的脱氨和氧化损伤，从而减少了假阳性突变。
为了进一步提高实验流程和性能， NEBNext® UltraShear™ FFPE DNA 文库制备试剂盒（NEB #E6655）还采用了特异酶切 DNA 片段化技术。
NEBNext® FFPE DNA 文库制备试剂盒实验流程
NEBNext® FFPE DNA 文库制备试剂盒实验流程简化，减少了手动操作时间。实验操作步骤经过优化，用户可以在实验流程中的任何步骤完成后暂停，并将反应体系保存在 -20°C过夜而不影响文库产量和质量。
产品描述：
针对不同起始量和不同质量的样本，NEBNext® FFPE DNA 文库制备试剂盒均能高效制备文库。
以 5 ng、50 ng 和 250 ng 经 Covaris® 打断的正常组织 FFPE DNA 为起始样本制备文库，其质量范围 DIN 值为 1.8 – 6.8，使用的 PCR 循环数如图所示。5 ng 和 50 ng 起始量的样本重复三次实验，250 ng 起始量的样本重复一次实验。5 ng 和 50 ng 起始量的样本结果中标注了标准偏差。结果显示：针对不同质量和起始量的样本，使用 NEBNext® FFPE DNA文库制备试剂盒均能提高文库产量。大多数杂交捕获流程要求文库产量大于 200 ng，即便起始量低至 50 ng 时，使用 NEBNext® FFPE DNA文库制备试剂盒制备的 FFPE DNA 文库也可获得足够的文库产量。
NEBNext® FFPE DNA 文库制备试剂盒能有效减少损伤造成的测序错误。
以 50 ng 低质量（DIN 1.8）和高质量（DIN 6.8）的经 Covaris 打断的正常组织 FFPE DNA 为起始样本，使用 NEBNext® FFPE DNA 文库制备试剂盒和其它图中所示的试剂盒制备文库。所有文库均使用 Illumina® NextSeq® 500 测序（2 x 76 bases）。向下抽取 600,000 双端 Reads，使用 bowtie2（version 2.3.2.2）将 Reads 比对至 GRCh38 参考基因组，并使用 Picard MarkDuplicate（version 1.56.0）标记重复。使用 Tasmanian（version 1.0.7）计算两个技术重复中 Read 2 每个 C 位置的 C→T 突变频率。低质量 FFPE DNA 中由胞嘧啶脱氨损伤造成的 T 突变被包含在 NEBNext® FFPE DNA文库制备试剂盒中的 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 有效修复。其它试剂盒因为缺少 DNA 损伤修复，故均在低质量 FFPE DNA（DIN 1.8）制备文库时显示出高水平的 C→T 突变。
NEBNext® FFPE DNA文库制备试剂盒可以检测到福尔马林处理受损的参考标准DNA中的预期突变体。
以 50 ng、100 ng 和 250 ng 经 Covaris 打断的福尔马林处理受损的DNA 标准品（严重）（Horizon Discovery HD803）为起始样本，使用 NEBNext® FFPE DNA 文库制备试剂盒或 NEBNext® Ultra™ II DNA 文库制备试剂盒制备文库，重复三次。所有文库均投入 custom cancer panel （Twist Bioscience®）的杂交捕获流程，6 次反应。所有文库均使用 Illumina® NovaSeq® 6000 测序（2 x 100 bases）。所有 fastq 文件向下抽取 2200 万个双端 Reads，使用 BWA mem（version 0.7.17）将 Reads 比对至 T2T 参考基因组，并使用 Picard MarkDuplicate（version 1.56.0）标记重复。使用Samtools（version 1.16.1）从 Mpileup 计算变异等位基因频率（VAF），并根据 Horizon 参考 DNA 中的预期 VAF 绘图。频率为 0.88% 的变体在 50 ng 起始量样本的 1/3 重复中缺失，但在 100 ng 和 250 ng 起始量的所有重复样本中均检测到所有变体。与标准文库制备（NEBNext® Ultra™ II DNA 文库制备试剂盒）相比，NEBNext® FFPE DNA 文库制备试剂盒提高了低起始量（50 ng）文库预期的 VAF 的相关性，结果表明：使用包含 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 的 NEBNext® FFPE DNA 文库制备试剂盒，能显著提高文库产量和覆盖度。
