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| 单细胞链特异RNA-Seq分析SMART-Seq Stranded Kit | ||||||
| 品牌 | Code No. | 产品名称 | 包装量 | 价格（元） | 说明书 | 数量 |
| Clontech | 634442 | SMART-Seq® Stranded Kit | 12 Rxns | ￥13,136 |  |
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| Clontech | 634443 | SMART-Seq® Stranded Kit | 48 Rxns | ￥43,617 | |
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| Clontech | 634444 | SMART-Seq® Stranded Kit | 96 Rxns | ￥57,771 | |
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| SMART-Seq® Stranded Kit | ||||||
| SMART-Seq® Stranded Kit：以单细胞起始，构建高质量的链特异性RNA-seq文库 | ||||||
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| 图1. SMART-Seq Stranded Kit的技术流程 | ||||||
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| 图2. 使用SMART-Seq Stranded Kit制备文库的结构特征 | ||||||
| 接头序列包含：通过PCR 1反应添加的可以与Illumina流动池结合生成簇的P7、P5序列（P7以淡蓝色表示，P5以红色表示），用于区分单个lane上多个样本的Index序列（Index 1 [i 7] 序列连接在P7端，Index 2 [i 5]连接在P5端）。并且还包括识别测序引物区域的Read 2（紫色）和 Read 1（绿色）。通过Read 1起始得到的原始RNA的反义链序列，Read 2起始获得的是原始RNA的正义链序列。其中，通过Read 2起始时，前3个碱基（XXX）是SMART-Seq Stranded Adapter衍生的序列。因此在双端测序时，需要在mapping前去掉这3个碱基。 | ||||||
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| 表1.不同样本起始量的分析结果 | ||||||
| 以人脑总RNA 10 pg至10 ng不同量起始，使用SMART-Seq Stranded Kit制备RNA-Seq文库。该表中所显示的数据是三次重复的平均值，且重复之间相关性系数非常高（Pearson/Spearman表示）。即使起始量为10 pg时，也具有非常高的重现性。 | ||||||
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| 图3. 在低起始量时，SMART-Seq Stranded Kit和Pico v2的比较 | ||||||
| Panel A.以人脑总RNA (50 pg-10 ng)起始，分别使用SMART- Seq Stranded Kit和SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 -Pico Input Mammalian (Pico v2)制备RNA-Seq文库（均做三次重复）。从测序数据随机抽取250万paired-end reads进行生物学信息分析。 | ||||||
| Panel B.比较这两个试剂盒在总RNA以 50 pg起始制备文库的转录表达水平 (见Panel A)， SMART-Seq Stranded Kit (Pearson =0.97)的再现性高于Pico v2 (pearson =0.92)。 | ||||||
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| 图4. 不同起始量样本的高重现性 | ||||||
| 利用FACS分离出A375细胞，分别以1-1,000个细胞起始使用SMART-Seq Stranded Kit制备测序文库。其中，以5-1,000个细胞起始时，均做两个重复；以单个细胞起始时，做12个重复。为了作比较，同时使用从两种1,000个细胞中纯化的总RNA制备文库。 | ||||||
| Panel A.：1-1,000个细胞起始的分析结果； | ||||||
| Panel B.：通过聚类热图展示了Panel A.中所示的所有样本的Euclidea距离，以及Pearson相关系数（范围为0.85至0.99）。其中单细胞样本标记为Cell1-Cell12，其他样本分别标记为a-b。 | ||||||
Technote： |
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页面更新：2024-02-01 08:21:07
