NEBNext® RNA 去除核心试剂

 RNAse-H 的高效工作流程结合在线工具设计的紧密间距探针，无论 RNA 质量高低，无论 RNA 起始量多少，都能高效去除 rRNA。

    ·   使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 设计的探针序列，可从任意物种中去除不需要的 RNA

    ·   起始量范围广：10 ng – 1 μg

    ·  同时适用于低质量和高质量 RNA 样本

    ·   超快速工作流程：仅需 2 小时，手动操作时间少于 10 分钟

   ·   可提供 RNAClean® 磁珠

 在 RNA-seq 中，高丰度转录本如核糖体 RNA（rRNA）会占据绝大部分测序数据，但它的生物学意义极低，并会掩盖那些具有真正生物学意义的低丰度转录本的检测。当某种样品没有相应的 RNA 去除试剂盒时，这一挑战变的更为严峻。NEBNext® RNA 去除核心试剂提供客户定制，可以从任意物种中去除不需要的 RNA，探针设计工具操作简单方便（NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool）。

 通过联合使用 NEB 提供的 NEBNext® RNA 去除核心试剂和客户自行设计定制的探针，去除不需要的 RNA，工作流程如下：

第一步：使用在线的 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool，输入目标 RNA 序列，获得定制的探针序列。

第二步：从您信任的供应商处订购 ssDNA 寡核苷酸探针。

第三步：探针与 NEBNext® 定制 RNA 去除核心试剂一起使用，或与其它 NEBNext® RNA 去除试剂盒联合使用。

不同起始量、不同物种的样本，NEBNext® 定制 RNA 去除试剂盒均能高效去除目标 RNA，富集目的 RNAs。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对埃及伊蚊、超嗜热原始菌和激烈火球菌的 rRNA 设计探针。使用 RNA 去除核心试剂盒和设计的探针从 1 µg、100 ng 和 10 ng 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从每个文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads。使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定 rRNA，残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值。结果表明：不同起始量（1 µg – 10 ng）、不同物种的样本，NEBNext® 定制 RNA 去除方法均能高效去除目标 RNA。

使用 NEBNext® 定制 RNA 去除试剂盒去除目标 RNA，不会影响目的转录本的丰度。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对埃及伊蚊的 rRNA 设计探针。埃及伊蚊成虫（Benzon Research）。使用 Monarch® 总 RNA 小量提取试剂盒（NEB #T2010S）从埃及伊蚊成虫（Benzon Research）中提取总 RNA。使用 RNA 去除核心试剂盒和设计的探针从 100 ng 和 10 ng 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从去除后的文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads，从未去除的文库中抽取 2 亿个 Reads。使用 Salmon 和来自 Vectorbase（AaegL5.2 assembly）的转录本计算转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R² 值。图 A 表明：去除不影响目的转录本的丰度。图 B 表明：不同起始量在多次重复实验中转录本丰度保持一致。

组合探针能有效去除人 rRNA 和线粒体 mRNA。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对人线粒体 mRNA 设计探针。设计的探针与 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）的探针组合使用。使用组合探针从 1 µg 人通用参考总 RNA（Agilent®）中去除线粒体 RNA 和 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从每个文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads。图（A）使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定 rRNA 和线粒体 RNA，残留的 rRNA 和 mtRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。rRNA 和线粒体 RNA 都被有效地去除。图 B 中 IGV 图显示了人类线粒体基因上的覆盖度。