PD1/ PDL1其他人在研究什么?

PD1/ PDL1其他人在研究什么?

PDL1 is regulated by p53 via miR-34

随着越来越多人对癌症免疫治疗感兴趣,PD1 / PDL1通路在免疫抑制的机制已成为研究热点。最近Cortez等人在JNCI发表的文献中提到(1),p53通过miR-34这个与p53肿瘤抑制途径相关的microRNA 来控制PDL1表达。在体内的小鼠肿瘤模型,miR-34X射线结合使用,也发现其在降低躲避免疫攻击和延缓肿瘤生长的效果均高于各别治疗。这项研究确定了一种新机制, PDL1表达与其他p53相关的途径有关,并在未来癌症治疗上提供一个新的观点。Reference: J Natl Cancer Inst. 2015 Nov 17; 108(1)更多信息请洽 

http://genetex.biomart.cn/news/2780398.htm

 

 

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什么是支原体污染?支原体污染怎么检测?

什么是支原体污染?支原体污染怎么检测?

支原体是最小和最简单的自我复制生命体。由于支原体体积小(100 nm),缺乏刚性的细胞壁,因此肉眼无

法检测到支原体,它们可以透过一般过滤膜,并对很多抗生素都具有抵抗力。支原体污染是细胞培养中的一

个主要问题,不止影响实验结果的有效性,更会影响细胞工程制药的质量和安全性。

支原体的特征

支原体属于柔膜菌纲,其成员特征为缺乏细胞壁以及拥有多变的形态。支原体对包括原代细胞在内的所有真核细胞类型具有高度传染性。成百上千的支原体可以附着在一个细胞上,与细胞膜融合、繁殖,最终数量可以超过培养细胞1000倍。支原体可以彻底改变细胞特性和扭曲研究结果。而支原体脂蛋白可被Toll样受体2(TLR2)识别并激活免疫细胞3。支原体没有细胞壁的特点使它们对常用的抗生素(如青霉素和链霉素)产生抗性。此外,它们的尺寸微小(~100nm),能够穿透过0.2μm的标准过滤膜。因此,我们需要采取预防措施来防止细胞培养物受到污染。

支原体污染对细胞功能的主要影响

支原体与宿主细胞竞争营养素和代谢物前体。因此,它们能改变许多细胞功能,影响到细胞代谢和细胞生长,最终导致细胞死亡。通过对受污染的人源细胞进行微阵列分析,科学家发现支原体严重影响数百个基因的表达,当中包括受体、离子通道、生长因子和致癌基因4。一旦与宿主细胞膜粘附或融合,支原体可以通过干扰信号级联和细胞因子产生,进一步损害细胞5。这些有害效应会强烈干扰实验数据,导致研究结果无

效,特别是当涉及表达TLR2的免疫细胞时,如巨噬细胞。

支原体污染的检测

InvivoGen提供两种支原体检测方法,令您能够及时抵御细胞污染。两种试剂均可快速和准确地检测出最常污染细胞培养的支原体物种。

MycoStrip™是一种能够“即时”(〜1小时)检测支原体基因组的免疫层析试纸,而PlasmoTest™是基于检测支原体脂蛋白的比色细胞分析法。

基因检测试纸条

MycoStrip™

• 适合用于即时测试

• 简单:无需特殊设备

• 快速:实际操作时间<15分钟,总时长约1小时

• 清晰:一条条带 – 支原体阴性 

 两条条带 – 支原体阳性

MycoStrip™基于等温PCR的技术,在加入我们专有的反应混合物后,靶向扩增细胞培养中,最常见(占95%)支原体物种的16S rRNA基因。在5分钟内免疫层析试纸条的显示区上就会出现检测结果的条带。

产品名称 产品说明 规格 货号
MycoStrip™ Mycoplasma contamination detection kit (strips)

10 tests

20 tests 

50 tests

rep-mys-10 

rep-mys-20 

rep-mys-50

细胞比色分析法

PlasmoTest™

• 适合常规测试使用

• 简单:使用细胞培养上清液进行比色检测

• 快速:操作时间<1小时。过夜培养后可见结果

• 灵敏:培养上清液中检测限为 5.10(2次方) – 5.10(5次方) CFU/ml

InvivoGen拥有专利的HEK-Blue™-2细胞,稳定表达人源TLR2(支原体脂蛋白的主要识别受体1

),以及一个NF-κB诱导的分泌型胚胎碱性磷酸酶(SEAP)报告基因。HEK-Blue™-2细胞可直接在HEK-Blue™检测培养基中培养,便于检测,是常规检测的理想选择。简单向这些细胞添加测试样品则可以得到比色结果,其灵敏度与基于生物化学发光的分析法相近。培养上清液样品中SEAP报告基因的活性可使用分光光度计在620-655nm下测量。而吸光度与污染物的量成正比。为了您的方便,HEK-Blue™-2细胞会附送Normocin™。Normocin™是一种抗生素混合物,能够防止细胞培养受到支原体、细菌和真菌的污染。

产品名称 产品说明 规格 货号
PlasmoTest™ Mycoplasma contamination detection kit (cells) 1 kit (250 tests) rep-pt1
PlasmoTest™ Controls Controls for PlasmoTest™ detection kit 200 tests pt-ctr2
PlasmoTest™ Refills Reagents for PlasmoTest™ detection kit 500 samples rep-ptrk

如需了解更多详情,请咨询Invivogen代理商上海金畔生物

染色质是什么?是如何参与调控的?

染色质是什么?是如何参与调控的?

染色质:生物化学结构,用于包装DNA

间期细胞核内由DNA、组蛋白、非组蛋白及少量RNA 组成的线性复合结构,是间期细胞遗传物质存在的形式。DNA紧密卷绕在称为组蛋白的蛋白质周围

染色质是什么?是如何参与调控的?

染色质调控基因表达

-染色质可以是浓缩为闭合构象,阻止转录因子进入,导致基因抑制(Gene Off)

相反,当组蛋白与DNA结合降低,染色质可以解聚形成开放构象,使转录因子可接近DNA,从而导致基因激活(Genes On)

为什么染色质很重要?

区别组织/细胞类型

      → 细胞功能 + 特性

染色质的变化改变基因表达 

      → 导致多种疾病

组蛋白翻译后修饰 (又称histone PTMs,PTMs)

染色质相关蛋白 (又称chromatin-binding proteins 染色质结合蛋白)

染色质与特定的基因组区域和/或基因的一部分相关联,从而:

直接开启和关闭基因(Genes on and off)

改变染色质的可及性

招募其他蛋白

染色质是什么?是如何参与调控的?

染色质图谱 

又称染色质分析、基因组图谱、 或表观基因组图谱,通过对基因图谱进行构建获得完整的序列信息,可为我们理解众多疾病的机制提供重要的数据支持。

染色质研究的应用:这些数据用途在哪里?

染色质调控过程在许多疾病中存在缺陷:

癌症

自身免疫

神经退行性疾病

染色质图谱:从实验室到病床均有运用

研究健康人与病人

确定调节基因的机制与基因表达的机制

鉴定新的药物靶点、生物标志物

更多详细信息,请联系EpiCypher全国代理-上海金畔生物 

什么是CUT&Tag技术?

什么是CUT&Tag技术?

近年基因组学和表观遗传学领域引入了两种新方法:

核酸酶靶向切割和释放技术(CUT&RUN)

靶向剪切及转座酶技术(CUT&Tag)


CUT&RUN和CUT&Tag检测法正在取代ChIP-seq

简化的工作流程跳过了ChIP-seq实验法中的挑战性步骤,包括染色质片段化和抗体pull down,用更少的细胞和测序读数得到更佳的数据。

具体变现为:

1.低细胞需求量;

2.高吞吐量;

3.操作流程更简易;

4.低成本,测序读取次数更少;

5.数据质量可靠,重复性好

EpiCypher CUT&Tag:

孵育结合好特异性抗体与靶标蛋白后,加入蛋白 A、蛋白G与Tn5的复合物(pAG-Tn5),使得转座体进入细胞并与抗体结合,间接地固定在靶蛋白上;激活Tn5酶的切割活性,将靶蛋白结合的DNA区域切断,从而达到提取DNA、进行PCR扩增、构建文库的目的。在Tn5上融合了protein A/G抗体结合功能域的转座体pAG-Tn5是关键的进步,因为这一步允许研究者不必碎裂染色质以及进行传统的库准备步骤。

更多详细信息,请联系EpiCypher全国代理-上海金畔生物 

CAR T细胞免疫疗法是什么?

CAR T细胞免疫疗法是什么?

很多人可能听说过CAR T细胞,但是你知道CAR T细胞免疫疗法是什么吗?趁着今天空闲的时间,小欣给大家整理了本篇CAR T细胞免疫疗法的内容,供大家参考使用。

CAR-T英文全称是ChimericAntigen Receptor T-Cell ,中文叫嵌合抗原受体T细胞。

CAR-T细胞免疫疗法是医学界新出现的治疗肿瘤和癌症的一种方法。它先从病人身上提取出免疫T细胞,然后利用基因工程技术,在体外写入能让T细胞识别特定肿瘤细胞并杀死肿瘤细胞的基因片段,这种CAR-T细胞在实验室中大量培养,之后再把扩增后的这种’加强型’ 免疫T细胞回输到病人体内进行治疗。

CAR-T治疗简单来说分为下列步骤:

1、采用血浆分离置换法提取收集患者体内白细胞,该步骤提取血液细胞,并分离出一种或多种血液成分。在实验室中,从白细胞中分离出T细胞。

2.、利用基因工程技术给 T 细胞加入一个能识别肿瘤的细胞,并且同时激活 T 细胞杀死肿瘤细胞的嵌合体,普通 T 细胞变身为CAR-T 细胞,它带着 GPS 导航,随时准备找到癌细胞,并且发动自杀性袭击,与之同归于尽。

3、体外培养,大量扩增 CAR-T 细胞,一般一个患者需要几十亿,乃至上百亿个 CAR-T 细胞,往往患者体形越大,需要的细胞越多。

4、把扩增好的 CAR-T 细胞输回患者体内。

5、 严密监护患者,尤其是控制前几天身体的剧烈反应。

CAR-T目前只能治部分的血液性肿瘤。

肿瘤是一种异质性疾病,不同的人患病的原因治疗的方法也都是不一样的,所以个别案例痊愈不等于彻底攻克癌症。

从目前的数据看,CAR-T的短期数据很好,但很快会复发。

Juno的JCAR015一期临床数据显示它在急性淋巴细胞白血病人身上的完全缓解率是87%,也就是说87%的患者治疗后找不到癌细胞了。但是,这87%的患者中有大约60%很快就会复发,活过6个月的人只有59%。所以哪怕是在CAR-T最擅长的白血病领域,它目前也没有能力完全治愈。

目前大多数的CAR-T针对的是CD19这个抗原,CD19只表达在B淋巴细胞上,所以它能够杀B淋巴细胞衍生出的急性淋巴细胞白血病和非霍奇金淋巴瘤,但对于其他肿瘤是完全无能为力的。

由于CAR-T目前只能用病人自身的免疫细胞来改造得到,所以成本高昂。

CAR-T的副作用目前来说还是比较大的。大量的T细胞攻击肿瘤细胞会在短时间内释放出大量的细胞因子,这个过程被称为“细胞因子风暴”,处理不好容易致死。

T细胞,T-Cell

T淋巴细胞(T lymphocyte)简称T细胞,是由来源于骨髓的淋巴干细胞,在胸腺(Thymus)中分化、所以叫T细胞,发育成熟后,通过淋巴和血液循环而分布到全身的免疫器官和组织中发挥免疫功能。

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什么是表观遗传学?

什么是表观遗传学?

你的基因对你的健康起着重要作用,但你的行为和环境也起着重要作用,比如你吃什么,你的身体活动程度如何。表观遗传学是研究你的行为和环境如何导致影响基因工作方式的变化的学科。与遗传变化不同,表观遗传变化是可逆的,不会改变你的DNA序列,但它们可以改变你的身体读取DNA序列的方式。

基因表达是指根据基因中的指令产生蛋白质的频率或时间。虽然基因变化可以改变蛋白质的组成,但表观遗传变化会影响基因表达,从而“打开”和“关闭”基因。由于饮食和运动等环境和行为会导致表观遗传变化,因此很容易看出基因与行为和环境之间的联系。

表观遗传学是如何工作的?

表观遗传变化以不同方式影响基因表达。表观遗传变化的类型包括:

DNA甲基化

DNA甲基化通过向DNA中添加一个化学基团来起作用。通常,这一组被添加到DNA上的特定位置,在那里它阻止附着在DNA上的蛋白质“读取”基因。这种化学基团可以通过称为去甲基化的过程去除。通常,甲基化使基因“关闭”,去甲基化使基因“开启”

组蛋白修饰

DNA包裹着称为组蛋白的蛋白质。紧密包裹在组蛋白周围的DNA不能被“读取”基因的蛋白质访问。一些基因包裹在组蛋白周围并“关闭”,而一些基因没有包裹在组蛋白周围并“打开”。可以从组蛋白中添加或删除化学基团,并改变基因是否被打开或包裹(“打开”或“关闭”)。

非编码RNA

你的DNA被用作制造编码和非编码RNA的指令。编码RNA用于制造蛋白质。非编码RNA通过与编码RNA和某些蛋白质结合,分解编码RNA,使其不能用于制造蛋白质,从而帮助控制基因表达。非编码RNA也可能招募蛋白质来修饰组蛋白,从而“打开”或“关闭”基因。

你的表观遗传学如何改变?

你的表观遗传学随着年龄的增长而变化,这既是正常发育和衰老的一部分,也是对你的行为和环境的反应。

表观遗传学与发育

表观遗传变化在你出生之前就开始了。你所有的细胞都有相同的基因,但外观和行为却不同。随着你的生长发育,表观遗传学有助于确定一个细胞将具有哪些功能,例如,它将成为心脏细胞、神经细胞还是皮肤细胞。

示例:神经细胞与肌肉细胞

你的肌肉细胞和神经细胞有相同的DNA,但工作方式不同。神经细胞将信息传输到身体的其他细胞。肌肉细胞的结构有助于提高身体的运动能力。表观遗传学允许肌肉细胞“打开”基因,使蛋白质对其工作重要,并“关闭”对神经细胞工作重要的基因。

表观遗传学与年龄

你的表观遗传学在你的一生中都会发生变化。出生时的表观遗传学与童年或成年时的表观遗传学不同。

例:新生儿与26岁与103岁的对比研究

对一名新生儿、26岁和103岁的婴儿进行了数百万个位点的DNA甲基化检测。DNA甲基化水平随着年龄的增长而降低。新生儿的DNA甲基化水平最高,103岁的DNA甲基化水平最低,26岁的DNA甲基化水平介于新生儿和103岁之间(1)。

表观遗传学与可逆性

并非所有的表观遗传变化都是永久性的。一些表观遗传变化可以根据行为或环境的变化而添加或删除。

例:吸烟者与非吸烟者与前吸烟者

吸烟会导致表观遗传变化。例如,在AHRR基因的某些部分,吸烟者的DNA甲基化程度往往低于不吸烟者。重度吸烟者和长期吸烟者之间的差异更大。戒烟后,前吸烟者可能开始增加该基因的DNA甲基化。最终,他们可以达到与不吸烟者相似的水平。在某些情况下,这种情况可能在一年内发生,但时间长短取决于戒烟前吸烟的时间和数量。

表观遗传学与健康

表观遗传变化会以不同方式影响您的健康:

传染

细菌可以改变你的表观遗传学,削弱你的免疫系统。这有助于细菌存活。

例:结核分枝杆菌

结核分枝杆菌引起肺结核。感染这些细菌会导致某些免疫细胞中的组蛋白发生变化,从而导致“关闭”IL-12B基因。关闭IL-12B基因会削弱你的免疫系统,提高结核分枝杆菌的存活率(3)。

巨蟹座

某些突变使你更容易患癌症。类似地,某些表观遗传变化会增加患癌症的风险。例如,BRCA1基因突变使其无法正常工作,这使你更有可能患乳腺癌和其他癌症。类似地,导致BRCA1基因表达降低的DNA甲基化增加了患乳腺癌和其他癌症的风险(4)。虽然癌细胞增加了某些基因的DNA甲基化,但与正常细胞相比,癌细胞的总体DNA甲基化水平较低。看起来相似的不同类型的癌症可能有不同的DNA甲基化模式。表观遗传学可用于帮助确定一个人患有哪种类型的癌症,或有助于尽早发现难以发现的癌症。单靠表观遗传学无法诊断癌症,癌症需要通过进一步的筛查测试来确认。

例:结直肠癌

结直肠癌增加了SEPT9基因的甲基化。一些商业的基于表观遗传学的结直肠癌检测着眼于SEPT9基因的DNA甲基化水平。当与其他诊断筛查测试一起使用时,这些基于表观遗传学的测试可以帮助早期发现癌症(5)(6)。

孕期营养

孕妇怀孕期间的环境和行为,如是否食用健康食品,会改变婴儿的表观遗传学。其中一些变化可能会持续几十年,并可能使儿童更容易患某些疾病。

例如:荷兰饥饿冬季饥荒(1944-1945)

母亲在饥荒期间怀孕的人更容易患上某些疾病,如心脏病、精神分裂症和2型糖尿病(7)。饥荒发生大约60年后,研究人员观察了母亲在饥荒期间怀孕的人的甲基化水平。与出生前没有遭受饥荒的兄弟姐妹相比,这些人在某些基因上的甲基化增加,而在其他基因上的甲基化减少(8)(9)(10)。甲基化的这些差异有助于解释为什么这些人在晚年患某些疾病的可能性增加(7)(10)(11)(12)。

相关文献:

1.Heyn H, Li N, Ferreira H, et al., Distinct DNA methylomes of newborns and centenariansexternal icon. Proc Natl Acad Sci U S A 2012; 109:10522-7

2.McCartney D, Stevenson A, Hillary R, et al., Epigenetic signatures of starting and stopping smokingexternal icon. EBioMedicine 2018; 37:214-220

3.Chandran A, Antony C, Jose L, et al., Mycobacterium Tuberculosis Infection Induces HDAC1-Medicated Suppression of IL-12B Gene Expression in Macrophagesexternal icon. Front Cell Infect Microbiol 2015; 5:90.

4.Tang Q, Cheng J, Cao X, et al., Blood-based DNA methylation as biomarker for breast cancer: a systematic reviewexternal icon. Clin Epigenetics 2016; 8: 115.

5.Johnson D, Barclay R, Mergener K, et al., Plasma Septin9 Versus Fecal Immunochemical Testing for Colorectal Cancer Screening: A Prospective Multicenter Studyexternal icon. PLoS One 2014; 9:e98238.

6.Food and Drug Administration. Epi proColonpdf iconexternal icon. 2016 [accessed 29 June 2020].

7.Roseboom T., Epidemiological evidence for the developmental origins of health and disease: effects of prenatal undernutrition in humansexternal icon. J Endocrinol 2019. 242:T135-T144

8.Heijmans B, Tobi E, Stein A, et al., Persistent epigenetic differences associated with prenatal exposure to famine in humansexternal icon. Proc Natl Acad Sci U S A 2008; 105: 17046-17049.

9.Tobi E, Lumey L, Talens R, et al., DNA Methylation Differences After Exposure to Prenatal Famine Are Common and Timing- And Sex- Specificexternal icon. Hum Mol Genet 2009; 18:4046-53.

10.Tobi E, Slieker R, Luijk R, et al., DNA methylation as a mediator of the association between prenatal adversity and risk factors for metabolic disease in adulthoodexternal icon. Sci Adv 2018; 4:eaao4364.

11.Dayeh T, Tuomi T, Almgren P, et al., DNA Methylation of Loci Within ABCG1 and PHOSPHO1 in Blood DNA is Associated With Future Type 2 Diabetes Riskexternal icon. Epigenetics 2016; 7: 482-8.

12.Pidsley R, Dempster E, Troakes C, et al., Epigenetic and genetic variation at the IGF2/H19 imprinting control region on 11p15.5 is associated with cerebellum weightexternal icon. Epigenetics 2012; 7:155-163.

什么是转染?转染可以应用哪些领域?

什么是转染?转染可以应用哪些领域?

通俗的来说,转染(Transfection)是将外源分子如DNA,RNA和Protein等导入真核细胞的技术,其目的在于基因调节及蛋白质的表达和功能等研究。

从生物学术语来说,转染(transfection)是细胞在一定条件下主动或被动导入外源DNA片段而获得新的表型的过程。 从本质上讲,和转化没有根本的区别。无论是转染还是转化,其关键因素都是用氯化钙处理大肠杆菌细胞,以提高细胞膜的通透性,从而使外源DNA分子能够容易进入细胞内部。所以在习惯上,人们往往也通称转染为广义的转化。常规转染技术可分为瞬时转染和稳定转染(永久转染)两大类。

转染方法一般有三种,即化学介导,物理介导,生物介导。

转染应用领域:

1.基因表达、沉默、编辑及基因功能研究及应用

2.细胞分析、癌症研究

3.蛋白及病毒生产

4.药物筛选研究

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