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| 人TCR分析SMART-Seq Human TCR (with UMIs) | ||||||
| 品牌 | Code No. | 产品名称 | 包装量 | 价格（元） | 说明书 | 数量 |
| Clontech | 634780 | SMART-Seq® Human TCR (with UMIs) | 24 Rxns | ￥19,351 |  |
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| Clontech | 634781 | SMART-Seq® Human TCR (with UMIs) | 96 Rxns | ￥63,718 | |
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| Clontech | 634779 | SMART-Seq® Human TCR (with UMIs) | 4 x 96 Rxns | ￥239,105 | |
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| SMART-Seq Human TCR (with UMIs) |
| · 适合不同起始量的样本—支持total RNA(10 ng-1 μg外周血淋巴细胞来源，或者20 ng -200 ng 全血来源，或者1 ng-100 ng T细胞来源的total RNA)，或者纯化后完整的T细胞（1,000-10,000个）起始 · 无需多对引物—每次反应仅需一对引物扩增相应的TCR亚基 · 添加UMI校正偏差—引入UMI建库，校正PCR偏差及测序错误产生的reads · 更灵敏特异的克隆型分析—优化的cDNA文库构建技术，确保克隆型的可靠分析 · 更可靠的样本-数据拆析结果—搭配使用UDI index建库，在高通量型Illumina测序仪上有更好的样本拆析与测序可靠性 · 更灵活的测序平台选择—可自由选择Miseq平台（分析V(D)J 全长信息），或是其它Illumina平台（分析CDR3区），支持最多384个样本同时测序 |
| ■ 产品说明 |
| SMART-Seq Human TCR (with UMIs)是一款具有更高重复性和特异性的TCR NGS文库构建试剂盒。该试剂盒整合SMART（Switching Mechanism at 5′ end of RNA Template）全长cDNA合成技术与5’RACE技术，可捕获TRA和TRB基因完整的V(D)J可变区，用于后续NGS分析。 该试剂盒支持使用不同input量的RNA（RIN≥8，取决于样本类型）或细胞起始，均可获得高品质的测序文库，如外周血淋巴细胞total RNA(10 ng-1 μg)、全血total RNA(20 ng -200 ng)以及T细胞total RNA(1 ng-100 ng)，或纯化后完整的T细胞(1,000-10,000个)。文库中可同时包含α链和β链的多样性信息。 同时，该试剂盒包含UMI（Unique Molecular Identifier），用以去除PCR偏差及测序错误所产生的reads，提供更正确和可靠的结果。 搭配使用UDI（Unique Dual Indexs），能更正确拆析采用图案化流动槽技术（Patterned flow cell）测序平台（如NovaSeqTM system）的下机数据，最多可支持384个样本同时测序。 |
| ■ 建库原理 |
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| ■ 不同起始量克隆型检测数据 |
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| 图1 不同的RNA或者T细胞起始量，均能获得高灵敏度和重复性的克隆型检测数据 |
| Takara科学家以1、10、100 ng 人CD3+ T细胞total RNA和1,000、10,000个CD3+T细胞制备TRA和TRB文库，测序reads用Cogent NGS Immune Profiler软件分析。结果显示，无论采用RNA还是以复杂度较高的T细胞直接起始，该试剂盒所建文库均能获得良好的克隆型检测数据。 |
| ■ 灵敏度测试数据 |
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| 图2 Takara科学家向100 ng PBMC RNA样本中掺入不同浓度（10%，1%，0.1%，0.01%，0.001%和0.0001%）的Jurkat T细胞RNA（包含TRBV12-3-TRBJ1-2克隆型）。采用该试剂盒扩增TRB CDR3区域并制备文库、NextSeq系统测序。测序reads downsample至 2.5M reads。灰色标记的是所混入的Jurkat RNA检出下限，结果显示，在未通过UMI数据校正时，TRBV12-3的检测极限为0.01%，但是在UMI数据校正的情况下，检测极限下探至0.001%！ |
| ■ 同类产品比较实验 |
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| 图3 为了比较不同TCR分析方法（DNA based VS RNA based）的性能差异，Takara科学家分别以SMART-Seq Human TCR (with UMIs)（RNA based, 5’RACE）、Company Q（RNA based，接头连接法）、Company A (DNA based, 多重PCR)作为文库构建方案。接着分离了500万个PBMC细胞作为gDNA和RNA的提取材料，并以1.6 μg gDNA和100 ng RNA制备文库，分析TCR a/b文库的克隆型数量。从结果中可以看出，SMART-Seq Human TCR (with UMIs)文库获得TRA和TRB基因平均4.87万和16.3万个克隆型检测数据，远高于Company Q RNA方法及Company A DNA方法所获得克隆型数量！(*NT：Not Tested) |
| 数据来源于Takara Bio USA, Inc. |
| 关联产品：Unique Dual Index Kit |
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页面更新：2024-01-17 15:47:05
